source ~/.config/fish/config.fish
でconfigファイルの再読込はできるようなのですが、
bash や zsh のときのように
exec -l $SHELL
を使いたいなと思っていましたがそのままではできないようです。
$SHELLがそのままでは実行できないようで
exec fish
すると上手く読み込んでくれました。
他にいいやり方がある気がしますが、configにfunctionを登録しておくと便利です。
function reload
exec fish
end